Trots alla insatser var sjön inte frisk
Ett synligt tecken på det var att sjöväxten grönslick, som hämtar sin näring direkt ur vattnet, fortsatte att breda ut sig kraftigt under somrarna. Ett annat tecken var att de inplanterade kräftorna dog ut under den snöiga vintern 95/96, på grund av svårartad syrebrist.
Den andra stora insatsen var bottenvattenfällningen 1997 (se vidare utredningarna). Trots uppgrävningen 1988/89 så finns stora mängder sediment på Bagarsjöns botten som läckte fosfor i vattnet. Omedelbart efter fällningen fick Bagarsjön ett betydligt lägre fosforvärden speciellt på djupare delar. Siktdjupet förbättrades.